Sự phát sinh của các vấn đề an toàn thực phẩm chủ yếu liên quan đến các khâu sản xuất, chế biến, lưu thông và ăn uống thực phẩm, nguyên nhân chính có thể được quy nạp thành sáu loại sau:
Ô nhiễm dẫn đếnThực phẩm bị ô nhiễm bởi các chất độc hại bên ngoài như vi sinh vật, chất gây ô nhiễm hóa học trong quá trình chế biến, bảo quản hoặc vận chuyển.
Tham nhũng biến chất: Thực phẩm trong lưu trữ, vận chuyển do môi trường không phù hợp (như mất kiểm soát nhiệt độ và độ ẩm) tham nhũng và biến chất, tự sản sinh ra các chất độc hại.
Dư thừa vượt chỉ tiêu: Sử dụng quá nhiều thuốc trừ sâu trong giai đoạn tăng trưởng thực phẩm, hoặc khi chế biến phụ gia thực phẩm vượt quá giới hạn, dẫn đến dư lượng vượt quá tiêu chuẩn.
Thêm bất hợp pháp: Vi phạm pha trộn các chất không nên thêm vào (ví dụ như chất không ăn được, thành phần thay thế kém chất lượng).
Ăn không đúng cách: Do sai lệch nhận thức hoặc thao tác sai, ăn nhầm, sử dụng sai các chất độc hại (ví dụ như muối công nghiệp làm muối ăn).
Con người cố ý: Thêm chất độc vào thức ăn thông qua các hành vi cố ý như đầu độc.
Cần lưu ý, trong điều tra thực tế cần kết hợp với nguyên nhân cụ thể (như sản xuất, lưu thông, ăn uống), xây dựng biện pháp phòng chống và kiểm soát.